Joy-con ovladače jsou nové a zabalené.Všestranné Joy-Cony nabízejí mnoho překvapivých způsobů, jak si je užít. Dva Joy-Cony lze použít samostatně v každé ruce, nebo společně jako jeden ovladač po vložení do Joy-Con držáku. Každý Joy-Con má kompletní sadu tlačítek a lze jej použít jako celý ovladač. V každém je také akcelerometr a gyroskopický pohybový senzor, který umožňuje na sobě nezávislé pohyby pravým a levým Joy-Conem.Na levém Joy-Conu je tlačítko Capture Button, které mohou hráči stisknout, aby okamžitě pořídili snímek obrazovky své hry a podělili o něj svými přáteli na sociálních sítích.V pravém Joy-Conu nachází NFC čtečka, která vám umožní komunikovat s figurkami amiibo, stejně jako IR pohybový senzor, který dokáže rozpoznat vzdálenost, tvar a pohyb předmětů v okolí pro speciálně navržené hry. Například dokáže říci, jak daleko je hráčova ruka, a také, zda jím hráč ukazuje papír, kámen nebo nůžky. Oba Joy-Cony mají pokročilé HD vibrace, které vám umožní cítit jemné, pravdivější vibrace než kdy jindy v kompatibilních hrách. Efekt je tak detailní, že hráč může například cítit vibrace jednotlivých kostek ledu a třást Joy-Conem.